Нецелевое расходование бюджетных средств более чем на 100 миллионов рублей зафиксировано Контрольно-счетной палатой Петербурга при проверке Комитет по природопользованию и подведомственными организациями в 2014, 2015 и 2016 годах. Об этом говорится в отчете КСП по результатам проверки. В отчете так же значится множество других нарушений. В частности, говорится о том, что ведомство потратило 230 миллионов рублей на 11 государственных контрактов на осуществление переданных полномочий РФ в области водных отношений, тогда как данные мероприятия должны осуществляться за счёт средств, выделяемых в виде субвенций из федерального бюджета. Так же допущено завышение сметной стоимости работ по 2-м договорам на общую сумму 4 миллиона 133,6 тысяч рублей. Кроме этого к проверке не были представлены отчётные материалы, подтверждающие затраты на 146 миллионов рублей, возмещённые из бюджета Санкт-Петербурга.

При выполнении государственных задач и функций Комитетом допущено ненадлежащее исполнение закреплённых полномочий в части принятия решения об ограничении условий эксплуатации гидротехнических сооружений в случаях нарушений законодательства о безопасности, что повлекло возникновение аварийной ситуации, связанной с превышением уровня жидких отходов в картах № 64 и № 68.

А именно, несмотря на то, что превышение предельного уровня жидких отходов в картах-накопителях полигона отмечалось в предыдущие годы, Комитет и ГУП «Красный Бор» проигнорировали Правила безопасности ГТС, не произвели в установленном порядке уточнение Правил эксплуатации ГТС и не предприняли меры по реконструкции существующего ГТС или созданию нового накопителя отходов, что позволило бы избежать возникновения сложившейся ситуации.

Контрольно-счетной палатой Санкт-Петербурга установлены и другие нарушения, которые отражены в отчёте о результатах контрольного мероприятия, который в установленном порядке направлен в Законодательное Собрание Санкт-Петербурга, Губернатору Санкт-Петербурга, вице-губернатору Санкт-Петербурга, курирующему соответствующую сферу деятельности, в прокуратуру Санкт-Петербурга для рассмотрения отчёта и осуществления в пределах своей компетенции мер по устранению выявленных нарушений.
Информация об отдельных нарушениях также направлена в Природоохранную прокуратуру г. Санкт-Петербурга, в Департамент Росприроднадзора по СЗФО, в ГУВД России по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области, в УМВД России по Центральному району г. Санкт-Петербурга.