В структуру МПК планируется включить 11 клиник, консультативно-диагностический центр, учебный корпус, административный блок, конференц-зал, подземную парковку и ряд вспомогательных отделений.

Комплекс будет состоять из разноэтажных зданий — 5-7 этажей с цоколем и техническим этажом, построенных с учетом требований высотного регламента. Общая площадь комплекса составит 75 тыс. кв. м. Плановые сроки окончания строительства — конец 2017 года.

Генеральным подрядчиком выбрано ОАО «Главное управление обустройства войск», на подряде у которого ООО «Инженерное бюро «Хоссер» осуществляет проектирование, строительство и оснащение клиники.

В 2013 году впервые за долгие годы были выделены значительные средства на обновление и развитие учебно-материальной базы академии. Для реконструкции учебной, научной и клинической базы академии было заключено 12 госконтрактов на сумму 4,1 млрд рублей (в том числе по проектно-изыскательским и строительно-монтажным работам — 2,2 млрд рублей, закупке и установке современного медоборудования — 1,9 млрд рублей).

В текущем году открылась новая столовая, введено в эксплуатацию общежитие на 1900 курсантов, готовится к сдаче реконструированное здание академической аптеки. Кроме того, военные строители начали реконструкцию 23 объектов на территории академии, по 12 объектам работы идут с опережением графика в среднем на 6-7 месяцев.